קיימות 7 ועדות מקצועיות בקרן המחקר של המועצה. בכל ועדה חברים אנשי מקצוע מהשורה הראשונה בתחומם הבאים מכל מוסדות המחקר, ההוראה, ההדרכה והרפואה הווטרינרית. תפקידם לשפוט מקצועית את האיכות המדעית של הצעת המחקר הקדמית לאחר שהחוקר הראשי הופיע בפניה להצגתה בפני הועדה. על סמך הציון שהתקבל ולאחר שיפוט נוסף של מנהלת הקרן היא תאושר או תדחה על סמך ציונה הסופי.