ועדות מקצועיות – קיימות 7 ועדות מקצועיות בקרן המחקר של המועצה. בכל ועדה חברים אנשי מקצוע מהשורה הראשונה בתחומם הבאים מכל מוסדות המחקר, ההוראה, ההדרכה והרפואה הווטרינרית. תפקידם לשפוט מקצועית את האיכות המדעית של הצעת המחקר הקדמית לאחר שהחוקר הראשי הופיע בפניה להצגתה בפני הועדה. על סמך הציון שהתקבל ולאחר שיפוט נוסף של מנהלת הקרן היא תאושר או תדחה על סמך ציונה הסופי.
ועדת בריאות ורווחת בע"ח:
עקרי נושאי המחקרים בהם דנה הועדה : אבחון ומניעה של מחלות זאונוטיות ,מחלות נגיפיות וזיהומיות, מחלות יצור, עידוד רפואה מונעת, פיתוח טכנולוגיות מתקדמות לאבחון,שיפור רווחת בע”ח.
ועדת הזנה ומספוא:
עקרי נושאי המחקרים בהם דנה הועדה: שיפור ופיתוח שיטות ממשקיות ותזונתיות לנצילות מיטבית של המזון באמצעות הזנה מדייקת, טיפוח של גידולי מספוא חסכניים במים, שילוב של מוצרי לוואי תעשייתיים כתחליף למזונות גסים ומרוכזים ולצמצם את עלויות המזון לבע”ח המהווים מרכיב עקרי בהוצאות היצור.
ועדת איכות החלב ובריאות העטין:
עקרי נושאי המחקרים בהם דנה הועדה: פיתוח אמצעי זיהוי, אבחון ומניעה של גורמים פתוגניים ומזהמים אחרים בחלב, הגברת איכות ובטיחות החלב כמזון בסיסי, קידום השימוש בחומרים “ירוקים “, הפחתה בשימוש באנטיביוטיקה תוך דאגה לרווחת בע”ח, לאיכות הסביבה ולבריאות הצרכנים.
ועדת ממשק וטיפוח:
עקרי נושאי המחקרים בהם דנה הועדה: התאמת תנאי האחזקה, היצור ופינוי שפכים והזבל לדרישות איכות הסביבה, קידום ופיתוח רפת “ירוקה”, עידוד מחקר ופיתוח של טכנולוגיות מתקדמות לשימוש ברפתות ובדירים, טיפוח מקומי בר תחרות לקווי הטיפוח בעולם והתאמתו לצרכי הארץ .
ועדת פוריות ופיסיולוגיה:
עקרי נושאי המחקר בהם דנה הועדה: שיפור פוריות של הזכר והנקבה, הקשר בין תחלואה ופוריות ,פיתוח אמצעים ממשקיים להתמודדות מול עקה הפוגעת בפוריות וכן שימוש בגנטיקה ככלי עזר למבחני פרים ואיתור גנים נושאי מוטציות.
ועדת כלכלה חקלאית:
עקרי נושאי המחקר בהם תדון הועדה: ניהול סיכונים בענף החלב, אופטימיזציה של ייצור החלב, ניתוח כלכלי של אסטרטגיות בייצור חלב, אפיון הרפתות היעילות –יתרון לגודל כן או לא, ניתוח כלכלי של ההון האנושי ברפת ובענף, ניתוח כלכלי של ההשפעות החיוביות והשליליות של הרפת על הסביבה והחברה.
עקרי נושאי המחקר בהם דנה הועדה: פיתוח שיטות ואמצעים לשיפור היצרנות ויעילות היצור, יצור חלב איכותי והתאמתו לדרישות הצרכנים, שיפור בריאות ורווחת הצאן, ופיתוח מסד נתונים ברמה הארצית